小昭寺坐落在拉萨古城以北，大昭寺北面约500米处，占地4000平方米左右。小昭寺始建于7世纪中叶，为吐蕃早期著名寺院，现为格鲁派密宗经院之一的上密院所在地。
历史上小昭寺几经火焚，现存的小昭寺的建筑大多是后来重修的，只有底层神殿是早期的建筑，殿内的10根柱子依稀可见吐蕃遗风：上面镂刻着莲花，并雕有花草、卷云以及珠宝、六字真言。小昭寺主楼三层，底层分门庭、经堂、佛殿三部分，周围是转经廊道，廊壁上遍绘无量寿佛像。三层楼上过去是达赖喇嘛下榻的地方。小昭寺的金顶也是汉地的歇山式样，以斗拱承托，整座建筑风格也是汉藏合璧，寺门朝东，以示文成公主思乡之心。
寺内原供奉的释迦牟尼12岁等身像，系文成公主由长安携带进藏，是西藏最珍贵的历史文物，后来在金城公主时期被移至大昭寺，而将尺尊公主携带的另一尊释迦牟尼8岁等身像移至小昭寺，成为小昭寺的主圣。
